Vào lúc 2:09 sáng ngày 9 tháng 2 năm 2014, giờ Việt Nam, Nguyễn Hà Đông tuyên bố trên tài khoản Twitter của mình là "trong 22 tiếng tới, tôi sẽ gỡ trò 'Flappy Bird' xuống. Tôi không thể chịu đựng nổi nữa."[27] Trước đó Đông đã viết "Flappy Bird là một thành công của tôi. Nhưng nó cũng đã phá hoại cuộc sống đơn giản của tôi. Thế nên giờ đây, tôi rất ghét nó."

Ngày 10/2/2014, Nguyễn Hà Đông gỡ Flappy Bird.

Sau đó, Kotaku có bài xin lỗi cha đẻ Flappy Bird.[28]

Trong một lá thư gửi cho tờ Wall Street Journal, người phát ngôn Yasuhiro Minagawa của Nintendo nhấn mạnh rằng hãng không có lời than phiền nào liên quan đến game Flappy Bird.

Ông nói: “Mặc dù chúng tôi thường không bình luận gì về tin đồn và những nghi vấn, nhưng chúng tôi đã bác bỏ nghi ngờ này.” Trước đây có những thông tin không xác thực nói rằng Nintendo đang muốn kiện Flappy Bird vì sử dụng những hình ảnh tương tự như trò chơi nổi tiếng Super Mario Bros, và đó cũng là một trong những lý do khiến tác giả Nguyễn Hà Đông quyết định gỡ bỏ Flappy Bird ra khỏi các kho ứng dụng App Store cũng như Google Play.[29]

Trong những dòng tweet, Đông chia sẻ rằng trò chơi này bị gỡ đơn giản là do nó “làm hỏng cuộc đời đơn giản” của anh và những áp lực từ báo chí, không phải vì vấn đề pháp lý hay bản quyền. Tuy nhiên theo dư luận đánh giá anh còn bị áp lực từ chính sự than phiền của phụ huynh game thủ, game khiến người chơi dễ nóng giận, ức chế đập phá máy và đồ đạc - Tạo ra game là giúp người chơi thư giãn bớt căng thẳng nhưng game này lại đem lại tiêu cực cho xã hội và cuộc sống của anh. Tuy nhiên không thể không công nhận trò chơi của anh đã tạo cảm hứng cho rất nhiều studio game độc lập phát triển mạnh mẽ sau khi thấy được sự thành công vang dội và khoản thu nhập khổng lồ do game đem lại. Hà Đông cũng khẳng định không bán game của mình cho bất kì công ty nào.